Rui Nunes integra o grupo de investigação Charter do CINTESIS.
Licenciado em Medicina pela Faculdade de Medicina da Universidade do Porto (FMUP), em 1985, Rui Nunes obteve o Grau de Doutor em Medicina em 1996, tendo sido o primeiro doutorado em todo o espaço lusófono na área da bioética.
Docente da FMUP, fundou a Associação Portuguesa de Bioética e integra atualmente o Departamento de Medicina da Comunidade, Informação e Decisão em Saúde (MEDCIDS), na qualidade de Professor Catedrático.
Foi membro do Conselho Nacional de Ética para as Ciências da Vida e presidente da Entidade Reguladora da Saúde. Ocupou também o cargo de administrador da Fundação Ciência e Desenvolvimento e integrou a direção da European Health Management Association. Em 2011, foi um dos fundadores do Centro de Inovação Social do Porto.
Autor de cerca de duas dezenas de obras, das quais se destacam Testamento Vital e GenÉtica, e de duas centenas de artigos científicos, foi recentemente nomeado Head of the Research Department of the International Network of the UNESCO Chair in Bioethics (Haifa) e lançou uma proposta de Declaração Universal de Igualdade de Género.